En décembre 2014, les membres fondateurs de l'Université Paris-Saclay choisissaient à l'unanimité Gilles Bloch comme "personnalité qualifiée appelée à siéger au conseil d'administration de la communauté d'universités et établissements". Ils soutenaient ainsi sa candidature à la présidence de la Comue francilienne.
Le 20 mai 2015, les membres du regroupement vont élire leur président, lors du premier conseil d'administration de l'université. Sauf surprise, c'est donc Gilles Bloch qui devrait prendre la tête de l'institution.