Ancienne élève de l’École normale supérieure (1975-1980) et agrégée de grammaire (1978), Simone Bonnafous obtient, en 1980, une thèse de troisième cycle sur les motions du congrès de Metz du PS. De 1980 à 1992, elle est maîtresse de conférences à l'Université Paris-Est-Créteil-Val-de-Marne (Upec, ex-Paris 12). Elle consacre sa thèse d'État, soutenue en 1990, à la représentation des immigrés dans la presse française entre 1974 et 1984.

Professeur en sciences de l’information et de la communication à partir de 1992, elle co-fonde le département de communication politique et publique de l'Upec, qu’elle dirige jusqu’en 1999. Elle devient par la suite, directrice de l’UFR de lettres et sciences humaines jusqu’en 2004. 

Membre de l'UMR Lexicométrie et textes politiques de l'ENS de Fontenay Saint-Cloud, elle fonde et dirige le Ceditec (centre d'études des discours, images, textes, écrits et communications), à l'Upec, en 1999. Ses recherches portent sur la communication, le discours et l’argumentation politiques. Elle est l’auteur de plusieurs chapitres d’ouvrages scientifiques.

De janvier 2006 à mars 2012, Simone Bonnafous est la présidente de l'Upec et occupe la fonction de vice-présidente de la Conférence des présidents d'université (CPU), de décembre 2008 à décembre 2010.

Simone Bonnafous exerce ensuite la fonction de directrice générale de l'enseignement supérieur et de la recherche (Dgesip) du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, de juillet 2012 à avril 2017.

Nommée inspectrice générale de l'éducation, du sport et de la recherche en avril 2017, elle est chargée d’une mission de préparation de la conférence ministérielle de Paris de l’espace européen de l’enseignement supérieur, d’une mission pour la préfiguration et la mise en œuvre de l’Université Franco-Tunisienne pour l’Afrique et la Méditerranée puis endosse la charge d'administratrice provisoire d’Aix-Marseille Université, de septembre 2019 à janvier 2020.

En février 2020, elle devient rectrice déléguée pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation de la région académique Île-de-France, une nouvelle fonction créée dans sept régions académiques pour devenir l'interlocuteur privilégié des universités, des écoles et organismes de recherche sur le territoire. C'est en décembre 2021 qu'elle quitte cette fonction pour faire valoir ses droits à la retraite.

Biographie mise à jour en décembre 2021.